Continuando meus testes no NetBeans 6.5 M1, passei a utilizar a funcionalidade Eclipse Project Import que apesar do nome, permite muito mais do que importar um projeto Eclipse para o NetBeans, com essa funcionalidade é possível sincronizar o projeto para o Workspace do Eclipse novamente.
Quem já tentou utilizar essa ferramenta em versões anteriores do NetBeans, deparou-se com diversos problemas, principalmente se a necessidade era a importação de um projeto Web, nessa situação os projetos eram importados como projetos desktops.
Com esse recurso, a Sun e toda a equipe de desenvolvimento do NetBeans demonstram estar interessados facilitar a vida de desenvolvedores que querem utilizar o NetBeans mas que trabalham em empresas que tem o Eclipse como IDE padrão. Essa funcionalidade aumenta sua liberdade e facilidade de escolha. Longa vida ao NetBeans.